Der Heilige Ulrich (Bischof in Augsburg 923- 973) soll die Kirche eingeweiht haben. Am 13. Juni 1311 verlieh Heinrich v. Rötenberg das Patronat und Kirchensatz von Wertach dem Zisterzienserkloster Stams bei Imst in Tirol, da seine Tocher Elisabeth den Herzog von Starkenberg bei Imst geheiratet hatte.
Als 1803 Wertach zu Bayern kam, wurde die Erhaltung der Kirche der Gemeinde zugewiesen. Am 21.2.1530, am 30.4.1569 und am 6.6.1605 fiel die Kirche jeweils einem Brand zum Opfer. Am 25.5.1632 wurde die Kirche von schwedischen Soldaten angezündet. Aus Feuersicherungsgründen wurde die Kirche nun an einem neuen, erhöhten Platz errichtet. Die Legende erzählt uns, dass ein großer Streit beim Bau der Kirche dadurch entstanden sei, da viele Bewohner die Kirche wieder am alten Platz haben wollten. Man habe bereits an dieser Stelle wieder mit den Maurerarbeiten begonnen, aber, o Wunder, jede Nacht sei das, was während des Tages dort errichtet worden war, von Engelshänden an die Stelle der heutigen Kirche übertragen worden. Vielleicht hat das Gasthaus "Engel“ daher seinen Namen erhalten.
Außerdem bedingte die weit bekannte Wallfahrt zum hl. Josef in Wertach eine größere Kirche. Die „Pilger“ kamen aus Österreich, der Schweiz, Italien und dem Elsaß. Die Josefsbruderschaft verzeichnete zur damaligen Zeit über 20.000 Mitglieder. Die neue, mit reichem Schmuck und herrlichen Fresken ausgestattete Kirche bestand 210 Jahre lang, bis am 16.4.1893 wiederum der ganze Ort samt Kirche einer schrecklichen Feuersbrunst zum Opfer fiel. Nur der Tabernakel, die beiden Seitenaltäre und einige Paramente konnten gerettet werden.
1894 wurde Bauamtmann Höfl vom Landbauamt Kempten mit der Planung der neuen Kirche beauftragt. Im Jahre 1896 war die Kirche mit Turm fertiggestellt. Der Turm mißt 50 m, die Kirche ist 46 m lang, 16 m breit und 14 m hoch. 1979 wurde die Kirche um die Emporentiefe erweitert und restauriert.
Der Hochaltar hat noch den aus der alten Kirche geretteten, in reichem Goldschmuck strahlenden Tabernakel.
Das große Altargemälde vom Münchner Maler Locher stellt Jesus, Maria und Josef auf dem Gang zum Tempel dar. Im oberen Altarbild sehen wir Ulrich und Afra. Links an der Chorwand befinden sich zwei Wandgemälde, der Tod des hl. Josef und die Ungarnschlacht auf dem Lechfeld 955, mit dem hl. Ulrich auf dem weißen Pferd (alle Bilder von Locher). Das Deckenbild im Chorraum stellt die Himmelfahrt Christi dar. In den Gewölbefeldern des Kirchenschiffes sehen wir bei der Orgelempore: Maria Verkündigung, Chirsti Geburt, der 12 jährige Jesus im Tempel, die Übergabe der Schlüsselgewalt an Petrus und die Kreuzigung.
Die Seitenaltäre haben noch, die vom Brand 1893 geretteten Altarbilder, die von unserem Wertacher Maler Franz Sales Lochihler im Jahre 1833 geschaffen wurden. Links die hl. Familie mit dem Johannesknaben und St. Michael, rechts: der vom Kreuz abgenommene Leichnam Jesu im Schoß seiner Mutter. Über dem rechten Seitenaltar sehen wir den hl. Bruder Konrad v. Parzham. Über dem linken Seitenaltar befindet sich das alte Wallfahrtsbild, der hl. Josef, von dem Konstanzer Maler Christoph Storer (1611-1671). Die Orgel wurde im Jahre 1983 von dem Orgelbauer Schmid in Kaufbeuren erbaut. Sie verfügt über 2.278 Pfeifen, verteilt auf 34 klingende Register.
An der nördlichen Friedhofsmauer befindet sich das ehemalige Beinhaus, heute die St. Josefskapelle. Die Pfarrkirche prägt das Ortsbild von Wertach und wäre nicht wegzudenken. Hier geht es zur Internetseite der Pfarrei St. Ulrich